掃描電鏡腔體內部殘留的有機碳氫化合物，在高能電子束照射下會發生分解沉積，在樣品觀察區域形成碳污染層，長期觀測會逐步遮擋樣品原始形貌。

現象：在掃描電鏡同一位置持續聚焦觀測一段時間后，視場中慢慢出現深色圓形污漬，隨著觀測時長增加污漬逐步擴大；原本清晰的樣品微細邊緣慢慢變模糊，線條測量尺寸出現偏差；更換觀測位置后新區域成像正常，回到原位置污染痕跡仍然保留。

成因：掃描電鏡真空腔體內壁、樣品臺、夾具上吸附有微量油氣、有機揮發物，電子束轟擊時，有機物發生裂解，碳元素沉積在電子束照射區域。不同品牌型號掃描電鏡的腔體真空等級、冷阱捕集能力參數不同，冷阱捕集效率不足的設備，碳污染產生速度會顯著加快。樣品本身帶有有機殘留污染物，會進一步提升碳沉積速率。

改善方案：使用掃描電鏡前，充分清潔樣品臺、樣品夾具，去除表面油污與有機雜質；開啟掃描電鏡配套冷阱裝置，吸附腔體內揮發性有機物；盡量縮短掃描電鏡在同一點位的聚焦和觀測時間，不要長時間定點轟擊樣品；樣品制備階段充分烘干除氣，減少樣品自身釋放的有機氣體；定期對掃描電鏡腔體開展烘烤除氣，降低腔體內部碳氫化合物本底含量。