如果樣品表面起伏大，在掃描電鏡下直接拍容易出現失焦、對比不均勻或者局部模糊。處理思路主要有幾個：

降低工作距離（WD），但要保證不撞針或樣品；較短的 WD 會提升景深，但極端起伏還是有限。

使用較小光孔（Aperture） 和較低加速電壓，可以增加景深，同時減少高低起伏處的電荷積累。

分區域拍攝：把樣品表面分成幾塊相對平整的小區域，各自調焦拍攝，再后期拼接成全景圖。

焦平面掃描/堆疊拍攝（Focus Stacking）：在高低不同位置多次調焦拍照，后期軟件疊加生成整幅清晰圖像。

樣品預處理：對過高或過低的部分做輕微拋光或填充（如果允許）可以減少焦點變化。

傾斜樣品或旋轉，盡量讓起伏方向沿掃描線，減少焦點差異。